Ziel der Veranstalter des Mozartfest Würzburg ist, die Musik Mozarts zu pflegen, zu vermitteln und gleichzeitig ein Forum für eine zeitgemäße Auseinandersetzung mit seinem Werk zu schaffen. Zu den Spielstätten gehören neben dem Fürsten-, dem Kaisersaal und dem Hofgarten der Würzburger Residenz auch Würzburger Kirchen und Weinkeller.
Kammermusik und Orchesterkonzerte sowie Weltmusik und Kabarett stehen auf dem Programm des Festivals. Jährlich steht ein Künstler, der sogenannte “Artiste étoile”, besonders im Fokus des Festivals. Mit dem MozartLabor bietet das Mozartfest außerdem einen Raum für Forschung: Hier treffen Künstler auf Wissenschaftler und Kulturschaffende, um aktuelle Fragestellungen zu erörtern.